MBP · uporabniški priročnik

MBP — pregledovalnik morskega biološkega monitoringa

Uporabniški priročnik

Spletni pregledovalnik prikazuje podatke morskega biološkega monitoringa Morske biološke postaje Piran (Nacionalni inštitut za biologijo). Zajema tri biološke skupine — fitoplankton, makroalge in nevretenčarje — z opažanji, statistiko in seznamom taksonov, vezanimi na vzorčevalne postaje v Tržaškem zalivu.

Naslov: https://mbp.alittis.com
Dostop: samo s prijavo (NARCIS račun s pravico za pregledovalnik)
Jezik vmesnika: gumbi in oznake so v angleščini; v tem priročniku je ob vsaki angleški oznaki dodan slovenski prevod, da jo na zaslonu zlahka najdete.

1. Dostop in prijava

Pregledovalnik je zaščiten s prijavo. Dostop imajo uporabniki z NARCIS računom, ki jim je dodeljena pravica za ogled MBP podatkov. Če prijava ne uspe, čeprav so podatki pravilni, najverjetneje vaš račun te pravice (še) nima — obrnite se na skrbnika (glejte Pogoste težave).

Postopek prijave

V brskalniku odprite https://mbp.alittis.com. Preusmeri vas na prijavno stran.
Vpišite:
- E-pošta — vaš NARCIS e-naslov (npr. ime.priimek@gov.si).
- Geslo — vaše NARCIS geslo.
Kliknite Prijava. Ob uspehu se odpre glavni zaslon pregledovalnika.

Prijavni podatki so isti kot za druge NARCIS storitve. Pregledovalnik gesla ne shranjuje; preverja ga prek sistema NARCIS.

Sporočila o napaki

Sporočilo	Pomen
Neveljavni podatki za prijavo.	Napačen e-naslov ali geslo, ali račun nima pravice za MBP.
Napaka pri povezavi s strežnikom.	Strežnik trenutno ni dosegljiv ali ni internetne povezave. Poskusite znova.

Priporočeni brskalniki

Sodobni brskalniki: Google Chrome, Microsoft Edge, Mozilla Firefox, Safari (zadnje različice). Za prikaz zemljevida je potrebna delujoča internetna povezava (zemljevid se nalaga s spletnega strežnika kart).

2. Pregled vmesnika

Po prijavi je zaslon razdeljen na glavo (zgoraj) ter dve glavni področji — zemljevid (levo) in podatkovni panel (desno).

Glava (zgoraj):

Logotip NIB — povezava na uradno stran nib.si/mbp (odpre se v novem zavihku).
Naslov »MBP · morski biološki monitoring«.
Izbira skupine — trije gumbi: Phytoplankton, Macroalgae, Invertebrates (glejte poglavje 3).
Gumb teme (☾ / ☀) — preklop med svetlim in temnim videzom.
Gumb za odjavo (⇥) — konča sejo (glejte poglavje 12).

Podatkovni panel (desno) ima pet zavihkov, ki preklapljajo prikaz desnega dela:

Observations (Opažanja) — preglednica posameznih zaznav.
Stats (Statistika) — povzetki in najobilnejši taksoni.
Taxa (Taksoni) — seznam vrst izbrane skupine.
Taxonomy (Taksonomski katalog) — urejeno taksonomsko drevo, skupno vsem trem skupinam (glejte poglavje 9).
Metadata (Metapodatki / metodologija) — opis vzorčenja in metode po skupini.

Na desni strani vrstice z zavihki je števec: pri zavihku Observations kaže število naloženih zaznav in mersko enoto (npr. 124 detections · cells/L), sicer ime izbrane skupine.

3. Biološke skupine

Pregledovalnik vedno prikazuje eno biološko skupino naenkrat. Izberete jo z gumbi v glavi. Vsaka skupina ima svojo barvo, ki se uporablja za pike na zemljevidu in grafe v statistiki.

Gumb (vmesnik)	Slovensko	Barva	Merska enota vrednosti	Vzorčevalna naprava	Postaje
Phytoplankton	Fitoplankton	modra	`cells/L` (celice na liter)	Niskinov vzorčevalnik	`000F`
Macroalgae	Makroalge	zelena	`%` (pokrovnost)	kvadrat 20 × 20 cm	`DR2`, `DR3`, `DR4`
Invertebrates	Nevretenčarji	rdeča	število osebkov (brez enote)	Van Veenovo zajemalo	`V50MA`, `V1TS1`, `V1TS2`, `V5TP2`, `V1TP3`

Ob preklopu skupine se zgodi naslednje:

filtri se počistijo (začnete s celotnim naborom nove skupine),
razdelek More (Več) se zapre,
zemljevid se samodejno premakne na postaje izbrane skupine.

Posebnosti po skupinah, ki vplivajo na vmesnik:

Fitoplankton — ena postaja (000F), vzorčenje po globinah (površina 0 m, 5 m, dno) v 12 terenskih izhodih. Nima filtra Replicate (ponovitev).
Makroalge — pokrovnost v odstotkih na stalni globini 3 m. Nima filtrov za globino in vrednost (abundanco); ima filter Replicate.
Nevretenčarji — vrednost je število osebkov (brez merske enote). Ima vse filtre. Za to skupino ni podatkov o metodologiji/metapodatkih.

4. Zemljevid postaj

Levi del prikazuje vzorčevalne postaje v Tržaškem zalivu. Vsaka postaja je obarvana pika z oznako (ime postaje); barva ustreza izbrani skupini.

Kaj lahko počnete:

Premikanje — povlecite z miško (oz. prstom na dotik).
Povečava / pomanjšava — gumba + (Približaj) in − (Oddalji) v spodnjem desnem kotu ali kolesce miške.
Klik na postajo — odpre se oblaček z imenom postaje, skupino in številom zaznav. Hkrati se prikaz preklopi na zavihek Observations in se filtrira na to postajo — hiter način, da vidite samo zaznave izbrane postaje.

Zemljevid se ob menjavi skupine sam prilagodi: pri eni postaji se nežno približa, pri več postajah jih uokviri vse, sicer prikaže celoten zaliv.

Število zaznav v oblačku se nanaša na trenutno naložena opažanja (upošteva aktivne filtre in dosedanje nalaganje s funkcijo Load more).

5. Opažanja (Observations)

Zavihek Observations je osrednji prikaz: tabela posameznih zaznav — vsaka vrstica je en takson, zaznan v enem vzorcu z vrednostjo, večjo od 0.

Stolpec	Slovensko	Pomen
Date	Datum	datum vzorčenja (LLLL-MM-DD)
Station	Postaja	oznaka vzorčevalne postaje
Season	Letni čas	sezona vzorčenja (Spring, Summer, Autumn, Winter)
Depth	Globina	globina vzorca v metrih (kjer je na voljo)
Taxon	Takson	znanstveno ime (ležeče). Če vzorec ni določen do vrste, je prikazan najnižji določeni rang z drobno oznako ranga (npr. `family`, `genus`)
Value	Vrednost	izmerjena vrednost; pomen je odvisen od skupine (glejte spodaj)

Zapolnjevanje nedoločenih taksonov. Vsi vzorci niso določeni do vrste. Kjer ime vrste manjka, pregledovalnik namesto praznega polja prikaže prvi višji določeni rang (rod → družina → red → razred → deblo). Ob takem imenu je drobna oznaka ranga (genus, family, order, class, phylum), da je razvidno, da določitev ni do vrste. Pri imenih, določenih do vrste, te oznake ni.

Avtor (samo nevretenčarji). Pri bentoških nevretenčarjih je za znanstvenim imenom v drobnem zapisu prikazan tudi avtor taksona — npr. Abra alba (W. Wood, 1802). Ime in avtor sta ločeni polji (avtor je odcepljen od združenega zapisa »ime + avtor«), zato ju je mogoče po potrebi izvoziti ločeno. Pri fitoplanktonu in makroalgah avtorja v podatkih ni.

Pomen stolpca Value po skupinah:

Fitoplankton — gostota celic v cells/L (celic na liter).
Makroalge — pokrovnost v odstotkih (%).
Nevretenčarji — število osebkov (cela števila, brez enote).

Mersko enoto skupine kaže tudi števec ob zavihkih (npr. … · cells/L).

Nalaganje in paginacija:

Naenkrat se naloži do 200 vrstic. Če jih je več, je na dnu gumb Load more (Naloži več), ki doda naslednjih 200.
Števec ob zavihkih prikaže trenutno število (npr. 200 detections+ — znak + pomeni, da je na voljo še več).
Če noben zapis ne ustreza filtrom, se izpiše »No detections match these filters.« (Nobena zaznava ne ustreza filtrom).

6. Filtri

Nad tabelo je vrstica s filtri. Delujejo v zavihkih Observations in Stats (v zavihkih Taxa, Taxonomy in Metadata ne) — statistika se preračuna glede na izbrani izsek. Filtri se kombinirajo z IN (prikazani so zapisi, ki ustrezajo vsem nastavljenim pogojem).

Osnovni filtri (vedno vidni)

Filter	Slovensko	Opis
Taxon	Takson	iskanje po delu imena (npr. `Dictyota`); ni občutljivo na velike/male črke
Station	Postaja	gumbi postaj izbrane skupine; izberete lahko eno ali več postaj hkrati (privzeto All = vse)
Season	Letni čas	Spring, Summer, Autumn, Winter
Year	Leto	leta, prisotna v podatkih skupine
Month	Mesec	1–12

Izbira več postaj naenkrat. Postaje so prikazane kot gumbi (čipi). Kliknite posamezno postajo, da jo vključite ali izključite iz izbora — prikažejo se podatki z vseh izbranih postaj hkrati. Gumb All prekliče izbor (vse postaje). Uporabno za poročanje, kjer potrebujete podatke z več postaj skupaj.

Razširjeni filtri — gumb More (Več)

Klik na More ▾ odpre dodatne filtre; vsebina je odvisna od skupine:

Filter	Slovensko	Velja za
Replicate	Ponovitev (paralelka) 1–3	makroalge, nevretenčarji
Depth ≥ (m) / Depth ≤ (m)	spodnja / zgornja globina	fitoplankton, nevretenčarji
Value ≥ / Value ≤	spodnja / zgornja vrednost	fitoplankton, nevretenčarji

Pri makroalgah namesto teh polj piše opozorilo, da filtra globine in abundance ni — pokrovnost se meri v % na stalni globini 3 m. Pri fitoplanktonu ni filtra Replicate.

Brisanje filtrov

Gumb Clear (Počisti) ponastavi vse filtre na privzeto.
Filtri se samodejno počistijo tudi ob menjavi skupine.

Hitri filtri iz drugih delov

Klik na postajo na zemljevidu nastavi filter Station in odpre Observations.
Klik na ime taksona v zavihku Taxa nastavi filter Taxon in odpre Observations.

7. Statistika (Stats)

Zavihek Stats prikaže povzetke za trenutni izsek podatkov. Na vrhu je opomba:

»Group-wide.« — prikazana je statistika za celotno skupino (brez filtrov).
»Filtered to current selection.« — statistika upošteva aktivne filtre.

Poleg opombe je izpis, koliko taksonov in vzorcev zajema trenutni izsek.

Most abundant taxa (Najobilnejši taksoni)

Stolpčni prikaz do 15 taksonov z največjo skupno vrednostjo (vsota po vseh ustrezajočih zaznavah). Dolžina stolpca je sorazmerna z vrednostjo; ob vsakem je znanstveno ime in skupna vrednost.

Per-sample summary (Povzetek po vzorcih)

Tabela z eno vrstico na vzorec:

Stolpec	Slovensko	Pomen
Sample	Vzorec	oznaka vzorca
Station	Postaja	postaja vzorca
Date	Datum	datum vzorčenja
Richness	Vrstna pestrost	število različnih taksonov v vzorcu
Total	Skupaj	vsota vrednosti v vzorcu (skupna abundanca / pokrovnost)
Shannon	Shannonov indeks	indeks biotske raznovrstnosti (glejte spodaj)

Shannonov indeks se prikaže le, kjer je smiseln — pri podatkih o številčnosti oz. gostoti (fitoplankton, nevretenčarji). Pri makroalgah (pokrovnost v %) tega stolpca ni.

Statistika sledi filtrom: če npr. izberete eno postajo, se pestrost, vsote in najobilnejši taksoni preračunajo samo za to postajo.

8. Taksoni (Taxa)

Zavihek Taxa je iskalni katalog vrst izbrane skupine.

Iskalno polje zgoraj — išče po znanstvenem imenu, rodu, družini, redu, razredu, deblu, lokalni kodi in avtorju. Pod poljem piše, koliko od skupnega števila taksonov je prikazanih.
Taksoni so združeni po deblu (phylum); vsaka skupina ima naslov v barvi skupine in število taksonov.
Pri vsakem taksonu so:
- znanstveno ime (ležeče) — klik nanj preklopi na Observations in nastavi filter Taxon na to ime; če takson ni določen do vrste, je prikazan najnižji določeni rang z drobno oznako ranga (enako kot v Observations),
- avtor taksona (kjer obstaja) — ločeno polje poleg imena, npr. (W. Wood, 1802); pri nevretenčarjih odcepljen od združenega zapisa »ime + avtor«,
- taksonomska vrsta (razred › red › družina › rod),
- lokalna koda (interna šifra, kjer obstaja),
- povezava WoRMS ↗ — odpre zapis vrste v svetovni bazi morskih vrst (marinespecies.org) po pripadajočem AphiaID.

Če noben takson ne ustreza iskanju, se izpiše »No taxa match …«.

9. Taksonomski katalog (Taxonomy)

Zavihek Taxonomy prikazuje taksonomski katalog MBP — urejeno taksonomsko drevo, ki je pripravljeno tako, da ga je mogoče usklajevati z nacionalnim katalogom v NarcIS-u.

Kako se razlikuje od zavihka Taxa? Zavihek Taxa je seznam taksonov ene skupine, kjer je taksonomska uvrstitev napisana ob vsakem imenu. Taxonomy pa je eno samo drevo, skupno vsem trem skupinam: vsak rang (deblo, razred, red, družina, rod, vrsta) je samostojen vnos, ki ima nadrejeni in podrejene taksone. Isti takson se pojavi samo enkrat, tudi če ga uporabljata dve skupini.

Delo z drevesom:

Puščica ▸ / ▾ pred imenom razpre ali zapre veje. Drevo je ob odprtju že razprto do vseh vnosov, označenih za pregled, da jih ni treba iskati po vejah (odprtih je le toliko vej, kolikor je potrebno — pribl. 3 % drevesa).
strni vse zapre vse veje, razpri za pregled pa znova razpre pot do vnosov za pregled.
Iskalno polje išče po latinskem imenu, avtorju, rangu, slovenskem imenu in lokalni kodi. Med iskanjem se drevo zamenja s seznamom zadetkov, pri vsakem pa je izpisana njegova taksonomska pot (npr. Mollusca › Bivalvia › Cardiida › Semelidae › Abra).
Gumbi za nabor podatkov — All datasets / Phytoplankton / Macroalgae / Invertebrates. Privzeto sledijo skupini, izbrani v glavi; z All datasets vidite celoten katalog. Ko izberete eno skupino, ostanejo prikazani tudi njeni nadrejeni taksoni, da veje ostanejo povezane.
Za pregled — filtrira na vnose, ki jih je treba strokovno pregledati (glejte spodaj).

Kaj je izpisano pri vsakem taksonu:

latinsko ime — rodovi, vrste in agregati so ležeče; klik nanj preklopi na Observations in nastavi filter Taxon na to ime,
avtor taksona, kjer obstaja (npr. (W. Wood, 1802)),
slovensko ime, kjer obstaja (zaenkrat ga vir še ne vsebuje),
rang po nacionalnem šifrantu, izpisan po slovensko (deblo, razred, red, družina, rod, vrsta, skupina vrst, agregat, s. l. …),
število podrejenih taksonov (npr. · 12),
● (pika v poudarjeni barvi) — takson ima dejanske najdbe v podatkih; brez pike je takson v katalogu, a v trenutnih meritvah ni bil zaznan,
lokalna koda in povezava WoRMS ↗ (kjer obstajata) — enako kot v Taxa.

Oznaka »za pregled«

Katalog je bil sestavljen samodejno iz obstoječih preglednic, zato so nekateri vnosi označeni za strokovni pregled. Pri takem vnosu piše zakaj, npr.:

konflikt nadrejenega taksona — vir isti takson uvršča pod dva različna nadrejena taksona; izbran je najpogostejši, drugi je zapisan v opombi,
rang iz vira — vir je rang zapisal v oklepaju ob imenu (npr. »Anomura (Infraorder)«); ime je očiščeno, rang pa prenesen v polje rang,
ime vsebuje oklepaj — lahko gre za podrod ali življenjsko fazo; ime je puščeno nespremenjeno,
AphiaID pripisan več taksonom — isti AphiaID je v viru pri dveh taksonih,
brez taksonomske uvrstitve — npr. »algae non ident.«, »nanoflagelati«.

Te oznake so delovni seznam za strokovnjake: vnos popravite kar v aplikaciji (spodaj), nato odkljukate »Pregledano« in oznaka izgine.

Urejanje kataloga

Pri vsakem taksonu je povezava uredi, ki odpre obrazec pod vrstico. Urejate lahko:

latinsko ime (obvezno),
avtorja,
slovensko ime,
rang — spustni seznam po nacionalnem šifrantu; vnosi, označeni z »(interno)«, so delovne oznake šifranta (npr. »nejasen status, potrebno urediti«),
AphiaID,
nadrejeni takson — poiščete ga po imenu; taksona ni mogoče uvrstiti pod samega sebe ali pod svoj podrejeni takson (to bi ustvarilo zanko, zato take možnosti niso ponujene),
opombo,
»Pregledano« — odstrani oznako »za pregled«.

Ob shranjevanju se vnos označi kot ročno urejen (v seznamu ga označuje ✎). To je pomembno: ponovni samodejni uvoz kataloga takih vnosov ne prepiše — vaši popravki so trajni. Zapiše se tudi, kdo je vnos uredil.

Pravica za urejanje. Urejanje je ločeno od ogleda: potrebujete posebno pravico (ADMIN-MBP), ki jo dodeli skrbnik NARCIS avtorizacije. Če je ne potrebujete oz. je nimate, se ob shranjevanju izpiše sporočilo »Za urejanje taksonomskega kataloga potrebujete pravico ADMIN-MBP.« — podatki ostanejo nespremenjeni. Za dodelitev se obrnite na skrbnika.

Kar spremenite, se takoj shrani v bazo in prikaz se osveži s shranjenim stanjem. Trenutno ni gumba »razveljavi«, zato pri nadrejenem taksonu pred shranjevanjem preverite, da ste izbrali pravega.

10. Metapodatki in metodologija (Metadata)

Zavihek Metadata (Metapodatki / metodologija) prikazuje opisni kontekst izbrane skupine — kje in kako se vzorči ter po kateri metodi se podatki obdelujejo. Filtri in izbira postaj nanj ne vplivajo: vedno prikaže celoten opis skupine.

Prikaz je razdeljen na dva razdelka:

Metadata (Metapodatki) — opis vzorčevalnih mest in območja: ekosistem, država, območje, lokacija vzorčenja, tip vodnega telesa in vodno telo (kjer obstaja), postaja, koordinate, globina ter obdobje (začetek / konec) in frekvenca vzorčenja. Pri makroalgah je ena kartica na postajo; pri fitoplanktonu en skupni zapis.
Methodology (Metodologija) — opis metode: parameter, merska enota, globine vzorčenja in besedilo metode (postopek določanja in obdelave vzorcev).

Polja se prikažejo le, kjer obstaja vsebina — prazna polja so izpuščena, zato se nabor prikazanih polj med skupinami razlikuje.

Nevretenčarji. Za to skupino metapodatki in metodologija (še) niso vodeni v podatkovni bazi, zato zavihek izpiše »No metadata or methodology is recorded for invertebrates.« (Za nevretenčarje ni zabeleženih metapodatkov ali metodologije). Glejte tudi poglavje 3.

11. Svetla / temna tema

Gumb z ikono sonca/lune v glavi preklaplja med svetlim in temnim videzom. Izbira se shrani v brskalniku in velja tudi ob naslednjem obisku. Ob prvem obisku se uporabi nastavitev vašega sistema (svetlo/temno).

12. Odjava in seja

Odjava — gumb z ikono izhoda (⇥) skrajno desno v glavi. Konča sejo na strežniku in vas vrne na prijavno stran.
Trajanje seje — prijava velja do 30 dni in se ob uporabi podaljšuje. Po poteku (ali po odjavi) vas pregledovalnik samodejno vrne na prijavno stran.
Za skupne ali javne računalnike priporočamo, da se po uporabi odjavite.

13. Pogoste težave

Težava	Vzrok / rešitev
Prijava ne uspe kljub pravilnemu geslu	Račun verjetno nima pravice za MBP pregledovalnik. Obrnite se na skrbnika NARCIS.
Med delom me je vrnilo na prijavo	Seja je potekla ali je bila preklicana. Znova se prijavite.
Zemljevid se ne prikaže	Preverite internetno povezavo (zemljevid se nalaga s spletnega strežnika kart) in osvežite stran.
Tabela je prazna (»No detections…«)	Filtri so preozki. Kliknite Clear ali sprostite kak pogoj.
Ni stolpca Shannon	Pričakovano pri makroalgah (pokrovnost v %); indeks se računa le za fitoplankton in nevretenčarje.
Ni filtrov za globino/vrednost	Pričakovano pri makroalgah; ti filtri veljajo le za fitoplankton in nevretenčarje.
Ni filtra Replicate	Pričakovano pri fitoplanktonu.
Manjkajo metapodatki/metoda za nevretenčarje	Za to skupino metodologija ni vodena v podatkovni bazi.

Za dostop, pravice ali vsebinska vprašanja o podatkih se obrnite na skrbnika sistema NARCIS oz. Morsko biološko postajo Piran (NIB).

14. Slovarček izrazov

Vmesnik (EN)	Slovensko	Pomen
Observations	Opažanja / zaznave	posamezne najdbe taksonov v vzorcih
Stats	Statistika	povzetki in agregati
Taxa	Taksoni	seznam vrst (katalog)
Metadata	Metapodatki	opis vzorčevalnih mest, območja in obdobja
Methodology	Metodologija	opis metode vzorčenja in obdelave vzorcev
Phytoplankton	Fitoplankton	mikroskopske alge v vodnem stolpcu
Macroalgae	Makroalge	makroskopske morske alge
Invertebrates	Nevretenčarji	bentoški (pridneni) nevretenčarji
Station	(Merilna) postaja	mesto vzorčenja
Sample	Vzorec	en vzorec (postaja × datum × globina/ponovitev)
Season	Letni čas / sezona	Spring (pomlad), Summer (poletje), Autumn (jesen), Winter (zima)
Replicate	Ponovitev / paralelka	zaporedna ponovitev vzorca (1–3)
Depth	Globina	globina vzorčenja v metrih
Value	Vrednost	gostota celic (`cells/L`), pokrovnost (`%`) ali število osebkov
Richness	Vrstna pestrost	število različnih taksonov v vzorcu
Total abundance	Skupna abundanca	vsota vrednosti
Shannon / Simpson	Shannonov / Simpsonov indeks	meri biotske raznovrstnosti
Phylum	Deblo	najvišji taksonomski rang v prikazu
Class / Order / Family / Genus	Razred / Red / Družina / Rod	taksonomski rangi
(oznaka ranga ob imenu)	Rang prikazanega imena	pri zapolnjenem imenu pove rang: species (vrsta), genus (rod), family (družina), order (red), class (razred), phylum (deblo)
Author	Avtor	taksonomski avtor (in leto) opisa vrste; pri nevretenčarjih ločeno polje poleg imena
AphiaID (WoRMS)	—	identifikator vrste v bazi WoRMS (marinespecies.org)
Local code	Lokalna koda / šifra	interna oznaka taksona

Pregledovalnik podatkov morskega biološkega monitoringa — Morska biološka postaja Piran, Nacionalni inštitut za biologijo (NIB). Vir podatkov: zbirka NARCIS.

MBP · prijava